Дефектами фотонных кристаллов называются нарушения регулярной структуры. В данном контексте слово "дефект" не имеет негативной окраски, оно означает наличие некоторой особенности структуры, которая изменяет оптические свойства фотонного кристалла в данной области.
Дефектами могут быть - отсутствие одной из областей с определенным коэффициентом преломления, его уменьшенногое или увеличенное состояние по отношению к нормальному, деформация и т.д. (рис. 5).
Рисунок 5. Схематичное представление фотонного кристалла с дефектами
В областях с дефектами обычно сосредотачивается электромагнитное поле. Такое явление используют в микрорезонаторах и волноводах, использующих фотонные кристаллы. Также фотонные кристаллы с дефектами, способствующие пропусканию только определенных частот световых волн, являются идеальными кристаллами для использования в лазерах.